Việc Martin Luther mất tích trên đường về là một phần trong kế hoạch của Vương hầu Frederick nhằm bảo vệ ông. Một nhóm gồm năm kỵ sĩ bịt mặt chận bắt Martin Luther khi ông vừa rời khỏi Nghị viện Worms và đưa ông về lâu đài Wartburg. Tại đây ông phải mặc trang phục hiệp sĩ, để râu dài và được gọi dưới tên Junker Jorg (Hiệp sĩ George).[40]

Trong thời gian ẩn dật, Luther vẫn tiếp tục làm việc cật lực, lần này ông bắt tay dịch sang tiếng Đức bản Kinh Thánh Tân Ước nổi tiếng (được ấn hành năm 1522).

Trong khi đó, các thành phần cực đoan bắt đầu gây dựng thanh thế bên trong phong trào cải cách, và đặt phong trào còn non trẻ này vào nguy cơ bị dẫn đi lệch hướng khỏi tôn chỉ ban đầu, đặc biệt là khi những người Anabaptist đến từ Zwickau gia nhập nhóm này để đẩy nhanh tình trạng hỗn loạn vốn đã bộc phát từ khi Luther vắng mặt.

Bất đồng với quan điểm cực đoan của nhóm này và hết sức quan ngại về những hậu họa do họ gây ra, ngày 6 tháng 3 năm 1522, Luther bí mật trở về Wittenberg.

"Trong khi tôi vắng mặt," ông viết cho Vương hầu Frederick, "Sa-tan đã đột nhập vào bầy chiên, gây biết bao tàn hại mà tôi không thể nào cứu chữa được nếu chỉ bằng thư tín, tình thế đòi hỏi phải có sự hiện diện và tiếng nói của tôi."[42]